由于浣熊市病毒事件，保護傘公司已經倒閉，但危機并沒有消失，相反，它越來越嚴重。為了應對日益嚴重的生化危機，一個隸屬于聯合國的新組織BSAA成立了。

非洲的混亂自然是《生化危機》中最嚴重的地方。BSAA得知黑人軍火商艾林在非洲交易生化武器，于是派克里斯·雷德菲爾德去非洲追捕艾林。BSAA的非洲分部任命謝娃·阿洛瑪為助理，因為當地人特別反美，就連BSAA也不例外。

克里斯和舍瓦通過檢查站后，克爾克在直升機上通知他們，阿爾法小組已經開始行動，并讓他們在指定地點與阿爾法小組會合。

克里斯和舍瓦在肉店和線人見面后拿到了設備，很快發現當地人在襲擊他們，于是他們逃進了一個房間。在與總部交談后，他們發現總部早就知道這一情況！

他們一路走來，卻目睹了告密者被斬首，然后他們被發現了，于是展開了一場大戰。最后，克爾克及時趕到，撞開門救出了他們。

當他們在去圓形場地的路上時，傳來了阿爾法小組的呼救聲。當他們到達時，只有船長還在垂死掙扎，并給了他們一個硬盤。然后他們遇到了一個長著觸角的怪物。最后，他們將怪物引入燃燒的房間并將其燒死。

他們從港口前往海濱小鎮，遇到了許多新的敵人?？藸柨嗽谥г儺愹饡r被它們襲擊并墜毀?？偛棵钏袉挝辉趬嫏C地點集合。在墜機現場，他們遭到了一輛飛車的襲擊。幸運的是，三角洲隊救出了他們。

三角洲隊隊長喬希把阿爾法隊獲得的硬盤上信息的解密信息交給了克里斯，里面有一張照片是吉爾的！

他們繼續前行，路過火車站，穿過礦井，但歐文被一個蒙面人救了出來。最后，三角洲隊派了一名司機去接克里斯和舍瓦。

在路上，他們遭到了一輛飛車的襲擊。當他們擺脫了飛行車后，他們發現三角洲小隊已經被徹底摧毀了，除了喬什。突然，搭載他們的司機被一個巨人壓扁了...

一場大戰后，克里斯告訴舍瓦，任務結束了，她該回去了。舍瓦說，你呢？克里斯說他的搭檔吉爾在總部發回來的信息里，他要去找她。舍瓦說你一個人不行。我和你一起去。于是他們一起上了船。

在船上，舍瓦說，你能告訴我一些關于吉爾的事嗎？克里斯說自從我們發現韋斯克是浣熊市的臥底后就一直在找他。幾年前，我們得到消息說，也許他和斯賓塞（保護傘公司的創始人）在一起。當我們突襲斯賓塞的住所時，我們發現斯賓塞已經死了，而韋斯克幾乎是一個具有幽靈般姿態的怪物。最后，吉爾為了救克里斯把韋斯克扔下了懸崖...他們繼續走著，走到了信息中的油田。

當他們到達油田時，他們再次遇到了喬希，但喬希對他的行蹤保持沉默。他們三人發現艾林在一起，卻發現歐文已經上了船，并告訴他們有一場盛大的煙花在等著他們。他們三人在油田爆炸的最后一刻上了船，及時逃離。

最后，他們追上了歐文，他不顧一切地殺死病毒，變成了一個巨大的怪物。他們打敗了歐文，并根據歐文的遺言走到了一個山洞。

他們在山洞里發現了一件巨大的遺物。在經過許多器官后，他們終于到達了圖中所示的實驗設施，卻發現吉爾的保溫箱是空的。

他們繼續往前走，終于找到了韋斯克和?？巳?，卻發現蒙面人其實是吉爾。事實證明，吉爾和韋斯克從懸崖上摔下來后并沒有死亡。韋斯克用控制器控制了吉爾的思維，最后他們從吉爾身上拔出控制器，追向了船上。

在船上，他們一路殺到了?？巳Ｔ诮换鹬?，?？巳斄艘会槨?/p>

當他們第二次遇到?？巳瓡r，他們發現埃克塞拉已經變成了一個巨大的怪物，他們努力戰勝這個怪物。

克里斯從吉爾那里得到消息，韋斯克要傳播病毒，他們找到了韋斯克，最終挫敗了韋斯克的陰謀，并將韋斯克埋在巖漿中。

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