越獄中是誰陷害了林肯，為什么要陷害他。

簡單來說：從頭看到尾 其實就是林肯的媽（不是親生的，是邁克的親媽）和將軍搶錫拉，至于為什么 ，因為錫拉很值錢 林肯的后媽為了重建她想要的世界犧牲了兩個兒子，最后讓邁克一行人取得勝利

副總統與公司是聯盟，受到公司的支持與操縱，公司希望她競選總統，這樣公司能更好的控制美國。

而競選總統需要經費，他們想到的得到經費的方法是：讓副總統的弟弟開家空殼子企業，對社會謊稱掌握了清潔能源的開發技術，來騙取了大量投資，之后讓弟弟假死，副總統作為姐姐繼承其遺產，即此企業的資金。

所以他們偽造了副總統弟弟的遇害，這需要一個“兇手”，于是陰差陽錯地，林肯被選中了。

后來，邁克爾和維羅妮卡一內一外去救林肯，這使副總統的計劃節外生枝——如果林肯被證明是無辜的，那她和公司的陰謀有敗露的危險，林肯死得越早他們就越安全。

陷害林肯與他爹的叛逃倒沒什么關系，公司在設計陰謀時并不知道這兩個人是父子。騙錢才是目的。